校团委下设2个正科级科室：组织宣传中心、素质拓展中心；创新创业学院下设2个正科级科室：综合管理科、创新创业训练科。

组织宣传中心：负责“三会两制一课”、团组织换届、团员评议，评优评先、“推优入党”等团务工作；组织团校、团学骨干教育培训、“青马工程”世纪英才学校及青年宣讲团工作；开展团学组织信息报送、“交大青年”等团属宣传阵地建设与日常管理运营等工作。

素质拓展中心：负责统筹大学生“三下乡”“返家乡”“扬帆计划”、就业帮扶、青年突击队、社区青春行动工作，组织西部计划志愿者（含研究生支教团）和青年志愿者协会人员招募选拔、技能培训、管理考评工作，组织开展“红、铁、和”校园文化活动和各类素质竞赛等工作。

综合管理科：负责起草制定和督促落实全校创新创业工作计划及相关支持保障政策，组织新生创新创业教育、“创业火种”训练营等教育、交流活动，制定并落实学院创新创业工作考核体系及考评办法，研究高校创新创业教育的政策和趋势，组织开展创新创业教育课题研究、课程及教材建设，组织开展创新创业师资培训、交流等工作。

创新创业训练科：负责“挑战杯”“互联网+”等创新创业竞赛的赛事组织、项目挖掘、培育，学科竞赛经费立项管理，大学生创新创业训练计划项目立项管理，“1+4”等创新创业团队及创新创业导师队伍建设，组织开展创新创业团队培训，推进项目孵化，创新创业实践基地建设与日常管理等工作。